Năm 1966, Tiểu ban Thường trực An ninh Nội địa của Thượng viện Hoa Kỳ bắt đầu điều tra về cáo buộc tham nhũng hoặc mua chuộc liên quan đến việc mất hàng khi vào Việt Nam, bao gồm vật liệu viện trợ nước ngoài, sản phẩm phân phối cơ sở (Post exchange) và vật liệu xây dựng quân sự.[8] Cuộc điều tra sau đó đã phát hiện ra những mất mát từ cơ sở phân phối hàng. Đã có sự thất thoát vật liệu xây dựng RMK-BRJ do kho trữ hàng mở tại các công trường xây dựng chính và tại các cảng biển. RMK-BRJ đã được quân đội chỉ đạo không xây dựng các cơ sở chứa vật liệu cho đến khi các cảng và căn cứ hàng không quan trọng được xây dựng.[1]:212 Bắt đầu từ năm 1967, RMK-BRJ được phép xây dựng các kho tàng, là kho chính phân phối cho 97 nhà kho tại 20 địa điểm trên khắp đất nước.[1]:281

Đến năm 1966, rõ ràng RMK-BRJ đã thiếu hụt 200 triệu đô la tài trợ cho việc xây dựng quân sự.[1]:240,331 Ban đầu người ta cho rằng điều này là do sự quản lý yếu kém của RMK-BRJ nhưng sau một cuộc điều tra, Bộ Quốc phòng đã báo cáo với Tiểu ban Thường trực An ninh Nội địa rằng chi phí vượt quá là do quy trình nội bộ của chính họ gây ra. Hãng thông tấn Associated Press đưa tin rằng "Lầu Năm Góc thừa nhận họ đã đánh lừa các nhà thầu dân sự trong chương trình xây dựng tỷ đô ở Việt Nam bằng cách phóng đại các phần hời hợp đồng có thể có cũng như chi phí ước tính thấp. Trước các báo cáo cáo buộc công ty lãng phí và quản lý yếu kém, các quan chức Quốc phòng ca ngợi RMK-BRJ đã làm một công việc 'có năng lực đáng kinh ngạc' trong những hoàn cảnh khó khăn."[9]